支持向量機集成的人類基因啟動子識別
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為高效地判別人類基因啟動子,提出了一種基于單核苷酸統(tǒng)計和支持向量機集成的人類基因啟動子識別算法。首先通過基因單核苷酸統(tǒng)計,從而將一個基因數(shù)據(jù)集分為C偏好和G偏好兩個子集;然后分別對這兩個子集提取DNA剛性特征、詞頻統(tǒng)計特征和cpc島特征;最后采用多個支持向量機(SVM)集成的方式來學習這三種特征,并討論了三種集成方式,包括單層SVM集成、雙層SVM集成和級聯(lián)SVM集成。實驗結果表明所提算法能夠提高人類基因啟動子識別的敏感性和特異性,其中雙層SVM集成的敏感性達到79. 51%,且級聯(lián)SVM集成的特異性高達84. 58%。
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